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山东济南非法经营疫苗系列案件发生后，党中央、国务院高度重视，有关部门和地方密切配合，立即开展了案件查办和处置工作。为进一步督促查清案件，严惩不法分子，依法依规追究相关人员责任，并进一步建立健全监管机制、完善法规制度体系，3月28日，国务院批准组织山东济南非法经营疫苗系列案件部门联合调查组。当晚调查组即赶赴山东，全面开展案件调查、处理工作。国务院工作督查组派专人参加，全程督查指导调查工作。
3月29日，部门联合调查组组长、食品药品监管总局局长毕井泉主持召开了调查组第一次全体会议，传达学习了李克强总理等中央领导同志重要批示精神，重点围绕七个方面开展工作。一是彻查“问题疫苗”的流向和使用情况，全面查清案情；二是依法严厉打击违法犯罪行为，对涉案人员必须要依法依规严惩重处；三是对失职渎职行为严肃问责，包括党纪政纪处分，构成犯罪的要移送司法机关；四是做好涉案疫苗接种者风险评估，组织专家研究提出针对性分类处理措施，发现问题及时处置、科学应对；五是总结案件的经验教训，提出堵塞漏洞、完善法规制度、加强疫苗监管工作意见；六是回应社会关切，及时公布案件查处情况，以及专家对涉案疫苗安全性、有效性的科学评估；七是案件调查工作完成后，全面总结案件查处、责任追究、强化监管、完善制度等情况，形成调查报告报国务院。根据工作需要，调查组下设案件工作组、疫苗经营工作组、疫苗使用工作组、责任追究工作组、综合组和专家组6个工作组。
会议要求，调查组要坚持科学严谨、实事求是、依法依规、注重实效的原则，全面、科学、客观、公正地开展案件调查工作。对于在调查中故意隐瞒事实、弄虚作假、提供虚假情况的，要从严惩处。会议指出，这起非法经营疫苗案件，暴露出疫苗流通和使用中长期存在的管理漏洞和制度缺陷。要按照李克强总理等中央领导同志重要批示指示精神，从这次案件中深刻汲取教训，举一反三，推动建立健全监管法规制度体系，完善长效机制。
联合调查组还专门召开了专题会议，听取了山东省人民政府和济南市人民政府对案件调查、处理工作的汇报，以及山东省公安、卫生计生、食品药品监管等部门前期开展工作的情况汇报。
联合调查组副组长公安部副部长黄明、监察部副部长陈雍、卫生计生委副主任王国强、食品药品监管总局副局长吴浈，以及山东省人民政府省长郭树清、副省长王书坚等出席会议，联合调查组全体成员参加会议。
